любая книжка по цветокоррекции Вам в помощь. У Маргулиса неплохо описано, как средствами фотошопа из розовой лошади белую делать. А так - это изначально плохой сканер, таким кирпич помогает, ели не получается настройками самого сканера серый фон вычитать.

Калибровать пробовали, не ...?

Надо мануал к Вашему сканеру смотреть, причем желательно не пользовательский, а сервисный. Не исключаю, что он вообще "просто работает", не имея функциональной возможности что-то в себе поменять. Я бы для начала обратился в сервисную службу производителя.
Есть такой вариант - выстраиваете профиль, нацеленный на то, чтоб пересчитать уже после сканирования изображение, полученное сканером, во что-то приемлимое. Но тут девайс специальный нужен с ПО, квалификация и голова.

Поражают такие личности, просят помочь с проблемой, но при этом дают минимум информации.
Автор - вы бы хоть для начала модель сканера указали...

ну да, я вот тоже хотел написать что-то вроде:
- у меня машина поломалась, что делать?
- машина какая?
- легковая

Проконсультируйтесь тут:

vopros@kalibrovkaspb.ru

Заказать калибровку сканера
zakaz@kalibrovkaspb.ru
(812) 920-29-27

Стоимость профилирования сканера
1200 рублей
Время профилирования сканера
15 минут

http://www.kalibrovkaspb.ru/scan.htm